Un dia la mare de Jonathan surt a fer un encàrrec, però abans de marxar-se, deixa al seu fill l'encàrrec de mantenir tot net i ordenat. Jonathan no està preocupat gens ni mica, sembla una missió senzilla. Llavors sent un soroll a l'altre costat de l'envà, sembla el so d'un tren... De sobte la paret del saló s'obre. Un comboi del metre es deté allí mateix, descarregant a una multitud de persones, que irromp en el saló, embrutant i desordenant tot al seu pas. Jonathan està desconcertat! Quan aconsegueix expulsar de la seva casa a l'últim passatger, mira al seu voltant i s'adona que hi ha escombraries pertot arreu, petjades de sabates per les parets i xiclet pegat en la catifa, Algú ha convertit la seva casa en una estació de metro!
En Jonathan i el metro és una història absurda, que desborda sentit de l'humor i que està pensada per a primers lectors. Aquest senzill relat ve a afegir-se a una llarga llista d'obres dirigides a un públic infantil en les quals l'autor no té una altra pretensió que la de fer gaudir de la lectura als més petits. En aquesta història som testimonis de com una escena quotidiana, que té com a protagonista a un nen que es queda només a casa es converteix de sobte en una peripècia extraordinària.
En la majoria dels seus llibres, Munsch forma tàndem artístic amb l'il·lustrador Michael Martchenko. En Jonathan i el metro no és una excepció. Les il·lustracions estan realitzades al llapis i aquarel·la, amb un estil a cavall entre la caricatura i el còmic que aconsegueix transmetre el to humorístic del relat. La profusió de detalls, l'expressivitat dels personatges i la utilització de colors vius contribueixen a subratllar el caràcter còmic de la narració. El format quadrat del llibre és molt característic de l'il·lustrador, que maneja amb facilitat enquadris de gran dinamisme i perspectives que ho acosten al llenguatge cinematogràfic.